La concha es quizá el elemento más característico de una tortuga. La dureza de su aspecto puede hacer suponer que se trata de una protección invulnerable que posee el animal. Nada más lejos de la realidad. El caparazón está formado sobre todo por sustancias vivas que pueden lesionarse.
Tal como se describe en el apartado de anatomía, una serie de placas óseas forman la estructura del caparazón. Por ello, el caparazón es una parte integral de la estructura ósea, es decir, el esqueleto de la tortuga. Esta osamenta está cubierta por una membrana o periostio muy sensible, que dispone de las placas óseas como única protección. En el caparazón, solo las placas son «materia muerta», comparables a las uñas del ser humano. El dolor que puede experimentar una tortuga ante un daño en su estructura es similar al que cualquiera de nosotros ha sufrido al recibir un golpe en la espinilla si se acierta plenamente en el periostio.
Entre los distintos escudos córneos existen junturas. En estas zonas, que suelen presentar un color más claro que el resto del caparazón, puede crecer la capa córnea, que tiene un grosor extremadamente fino. Esto significa que estas partes carecen de protección y que son muy sensibles a rasguños o manipulaciones realizadas con la uña del dedo. Por ello, munca deben frotarse con un cepillo.
El caparazón de la tortuga terrestre, a medida que esta avanza en edad, se vuelve más córcovado y los escudos córneos adquieren más espesor. Estos se desgastan, no obstante, de una forma equilibrada, si el animal durante sus excursiones topa y roza raíces, espinas y piedras, o incluso cuando se soterra. Si la tortuga está sana, es casi imposible que se le desprendan las placas córneas enteras. Sin embargo, en muchas especies de tortugas que vivien en el agua (como la Chrysemis, Curia y Chelodina), el desprendimiento de finas capas córneas es del todo normal.
En el caso concreto de la tortuga de concha blanda se puede observar una especial regresión del caparazón. El dorso plano y óseo está recubierto solamente con una piel coriácea correosa. Carece de placas o escudos córneos. El plastrón está formado por unos huesos poco pronunciados en la región de la pelvis y en los omoplatos. La parte más grande del vientre está, por tanto, protegida unicamente por una capa de piel blanda.
Sorprende la circunstancia de que la tortuga de concha blanda sea capaz de respirar a través de su piel corporal cuando se encuentra enterrada bajo la arena. A través de la piel absorve el oxígeno necesario y desprende el correspondiene anhídrido carbónico. Debido a esta particularidad, la tortuga de concha blanda es muy sensible al estado de higiene en que se encuentre el agua del acuario. Un agua sucia puede fácilmente infectar cualquier lesión en la concha del animal.
Otra particularidad del caparazón son las articulaciones en forma de bisagra que tienen algunas especies como las tortugas de caja. Este recurso permite perfeccionar de un modo sorprendente el nivel de protección que proporciona el caparazón.
Mientas que una tortuga «normal», como por ejemplo la tortuga mediterránea, esconde la cabeza y las patas dentro del caparazón dejando a la vista la piel recia de las extremidades, la tortuga caja es capaz de retraerse por completo. Eleva el plastrón, separado por na sutura transversal, como si de un puente levadizo se tratara. Gracias a este mecanismo puede sellar todas las aberturas de su cuerpo y tener una protección perfecta. Otras especies de tortugas, como la tortuga de pantano de Pensilvania y la tortuga articulada disponen de mecanismos parecidos.
Hay que tener cuidado a la hora de adquirir crías de tortugas que presentan protuberancias pronunciadas en su caparazón y que sean ofrecidas como ejemplares especiales. Si las placas córneas se levantan en forma conoidal, probablemente se trate de un ejemplar malformado que se haya alimentado con una dieta incorrecta. Incluso puede sufrir una anomalía seria en su metabolismo.
Existen, sin embargo, especies de tortugas terrestres que cuando llegan a la vejez desarrollan «pirámides córneas» en las diferentes superficies de los escudos del caparazón. También algunas especies de tortugas de estanque de América y de regiones asiáticas (como la Malaclemys), tienen en su espaldar escamas dorsales protuberantes y en forma de quilla.
El color del caparazón puede cambiar por la incidencia de diversos factores. La tortuga de caja occidental, en sus primeros años muestra un color verde intenso, mientras que los ejemplares adultos preentan un caparazón negro-marrón. También en otras especies el color del espaldar varía con la edad, aunque no de forma tan evidente como en el caso de esta tortuga.
Por lo general, las tortugas que vivien en cautividad tienen generalmente un color más pálido que los ejemplares que viven en libertad, que ostentan un cromatismo más intenso y brillante. Esto es consecuencia sobre todo de la incidencia de los rayos solares, la alimentación variada que encuentan en su hábitat natural y las especiales características geográficas de su entorno, que les permite abrillantar su concha con el roce de piedras, espinas o raíces.